Situé dans la Péninsule acadienne au Nouveau-Brunswick, le bassin versant de la baie de Caraquet est d'une superficie d'environ 420 km² et s'étend de l'île de Pokesudie, à l'est, jusqu'à Janeville, à l'ouest. Le bassin versant est borné au nord par la baie des Chaleurs. Le réseau hydrographique du bassin est composé de trois rivières : la Petite rivière Caraquet, la Rivière du Nord, et la plus importante, la Rivière Caraquet. Une multitude de tributaires se joignent à ces rivières et les approvisionnent en eau de surface et souterraine provenant du bassin versant. Ces trois rivières se jettent dans la baie de Caraquet qui est d'environ 8,0 km de long par 3,5 km de large. La profondeur moyenne d'eau de cette baie est de 2 m à marée basse, ce qui favorise une industrie aquacole importante pour la région. En fait, l'huître y est récoltée depuis 1757, alors que les premiers habitants pouvaient s'en procurer facilement à l'aide d'outils de pêche qu'ils fabriquaient eux-même. La zone côtière comprise dans le bassin versant est d'une longueur d'environ 55 km. Cette zone comprend le littoral de la baie des Chaleurs, de Grande-Anse à Maisonnette , ainsi que le littoral autour de la baie de Caraquet jusqu'à l'île de Pokesudie.